① 建立离子交换法纯化蛋白质的方法需要摸索哪些条件
pH值，缓冲液的pH值对于蛋白结合离子交换层析有非常大的影响，需要先摸索出合适的版pH值，既能权保证蛋白结合上离子交换层析，又不会出现不稳定沉淀的情况。
盐浓度，盐浓度是离子交换层析洗脱的关键，需要摸索出蛋白能在什么样的盐浓度下被洗脱，且洗脱后纯度能够达到最初的要求。
柱体积，尽管各种离子交换层析均有理论结合蛋白量，但各种蛋白情况不一样，需要摸索出能够完全结合目的蛋白合适的柱体积。既不会太大造成洗脱浓度过稀，也不会太小造成目标蛋白过载。
温度，温度可能会造成蛋白变性等等。
② 离子交换层析法分离纯化蛋白质有哪些局限性
1，离子交换树脂固定床的床层压力会随着分离过程的进程而不断加大，需要重回新填充答。同时，也造成固定床填充过程操作麻烦，而且密封性要求高。2，蛋白质分离纯度问题，如果在出峰之后再行切换接收馏分，而在峰行下降后提前切换，虽可以保证纯度，但蛋白分离收率则会下降。3，由于交换层析介质决定，不同蛋白质相互分离效果也不确定，这种分离，也易造成各蛋白峰重叠，造成分离纯度下降。4，自动化程度不高。主要也是受固定床以及树脂交换饱和当量无法保持长期稳定造成的。无法像液相色谱柱那样，可以在标样标定后，建立方法，自动分离目标蛋白。5，不过，规模化分离纯化蛋白质过程，使用这种层析法，还是具有一定优势的。
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详细资料请参考：
离子交换层析: http://proct.bio1000.com/100474/
③ 离子交换层析可用于哪些种类蛋白质的分离
离子交换层析是利用蛋白质在不同PH带不同种电荷的方法，利用离子交换的方法分离专蛋白的。
离子交换属内的介质一般是树脂，阳离子交换型的，使用前树脂先用碱处理成钠型，将氨基酸混合液（pH=2-3)上柱，pH=2-3时，氨基酸主要以阳离子形式存在，与树脂上的钠离子发生交换而被“挂”在树脂上，再用洗脱剂洗脱。不同的氨基酸（带的电荷不同）与树脂的亲和力不同，要将其分离洗脱下来，需要降低它们之间的亲和力，方法是逐步提高洗脱剂的pH和盐浓度，这样各种氨基酸将以不同的速度被洗脱下来，反之亦然。
不同反荷离子与树脂亲和力是不同的，其强弱关系为阳性竞争离子：Ag+〉CS+〉K+〉NH4+〉Na+〉H+〉Li+ 阴性竞争离子：I->NO3->(PO4)3->CN-〉HSO3-〉Mg2+〉HCO3-〉HCOO-〉CH3COO-〉OH-〉F- 如果某种离子溶液洗脱效果不好，可用另一种亲和力强的离子代替之，等电点＞7选择阳离子交换树脂，等电点＜7选择阴离子交换树脂。