所有的层析在原理上都是相通的，区别在于流动相和层析剂之间的作用力的不同。
离子交换是利用蛋白质表面的电荷与层析剂上的离子基团的静电作用。
凝胶过滤层析利用了凝胶的多孔性，根据溶剂分子的大小进行分离。
2. 离子交换层析和亲和层析都可以用来分离所有的蛋白质吗哪种的效果更好
这个你问的太笼统了，方法没有最好的，只有最合适的
蛋白的分离纯化无非是利用版目标蛋白和权别的蛋白不同进行分离，这包括分子量大小，电荷，极性等特性的不同，此外包括别的特性，特别是酶例如酶需要辅酶象苹果酸 脱氢酶，或者底物，酶抑制剂，金属离子等，那相对应的纯化方法有凝胶过滤，离子交换，疏水层析，后面的可以分别把底物，酶抑制剂，金属离子偶联或鳌合到介质上做亲和介质，而象果酸脱氢酶也可以用染料亲和的办法，因为染料的结构和NAD类似。糖蛋白可以用凝集素亲和或者苯硼酸琼脂糖亲和分离等方法，总之要尽 量多知道目标蛋白的特性和了解各种分离的手段，就很容易找到最有效的分离纯化的方法。
3. 为什么说离子交换色谱法是分离蛋白质的最佳方法
它是根据蛋白质的组成物质氨基酸的物理性质（基于氨基酸电荷行为）为分离基础的方法。相对透析和超过滤及凝胶过滤来说，可以针对多种蛋白质中的某一种（前提是知道蛋白质的氨基酸组成及其离子交换树脂的亲和度及洗脱强度）进行分离。（而透析和超过滤还有凝胶过滤方法更大的取决于相对分子质量及其结构 分离出的单一蛋白质纯度相对要低 并且凝胶过滤要求凝胶对要求组分不能有吸附作用 适用性较低 ） 相对盐溶和盐析来说，分离单一蛋白质的纯度要高，且更好的保留其天然理化性（盐溶要求蛋白质分子吸附某一盐离子从而改变其溶解性 但有些蛋白质吸附某些盐离子后其蛋白质构象及理化性会发生改变）。 相对有机溶剂分级分离法，更好的保留其天然理化性（有机溶剂分类法易造成蛋白质不可逆变形 且适用范围窄） 相对凝胶电泳和等电聚焦来说 更易于实现大量制备分离 且不改变蛋白质结构和功能（电泳会影响蛋白质结构 且操作繁琐 成本高） 相对亲和层析来说 它更加易于实现且成本低廉效果也不错（亲和层析需要制备其配体并与载体交联 因而制备难且成本较高）
PS: 最好的分离方法不是例子交换色谱法 而是高效液相色谱法 相对离子交换色谱来说有着更高的效率、更高的分辨率和过柱速度
4. 离子交换层析可用于哪些种类蛋白质的分离
离子交换层析是根据蛋白质所带电荷的差异进行分离纯化的一种方法。蛋白质的带电性是由蛋白质多肽中带电氨基酸决定的。
5. 离子交换层析和亲和层析都可以用来分离所有的蛋白质吗
理论上来说离子交换层析可以用来分离所有的蛋白质，但亲和层析只能内分离能和其特异性结容合或者说带tag的蛋白质。
从实际应用来说，离子交换层析不可能能用来分离所有的蛋白质。这是因为其分辨率没有办法达到分离所有蛋白质。而且蛋白与蛋白之间可能存在其他的相互作用，造成某个盐浓度下被洗脱的蛋白可能会吸附其他蛋白一起被洗脱，达不到分离的效果
亲和层析就更不可能分离所有的蛋白质了，不管是哪种亲和层析都有对应可以特异性吸附的亲和标签蛋白。如果没有亲和标签，所有的蛋白都是不能吸附的
6. 离子交换层析在蛋白质分离中的应用
离子交换层析在蛋白质分离纯化中有非常广泛的应用，在样品富集，回中度纯化和精制阶答段都可以采用。另外还可以利用离子交换层析去除DNA和内毒素。因此在生物制品工艺中应用非常广泛。关键是要选择合适的介质和分离条件。
你的问题范围太广，如果有具体的问题可以详细讨论。
7. 离子交换层析可用于哪些种类蛋白质的分离
离子交换层析是利用蛋白质在不同PH带不同种电荷的方法，利用离子交换的方法分离专蛋白的。
离子交换属内的介质一般是树脂，阳离子交换型的，使用前树脂先用碱处理成钠型，将氨基酸混合液（pH=2-3)上柱，pH=2-3时，氨基酸主要以阳离子形式存在，与树脂上的钠离子发生交换而被“挂”在树脂上，再用洗脱剂洗脱。不同的氨基酸（带的电荷不同）与树脂的亲和力不同，要将其分离洗脱下来，需要降低它们之间的亲和力，方法是逐步提高洗脱剂的pH和盐浓度，这样各种氨基酸将以不同的速度被洗脱下来，反之亦然。
不同反荷离子与树脂亲和力是不同的，其强弱关系为阳性竞争离子：Ag+〉CS+〉K+〉NH4+〉Na+〉H+〉Li+ 阴性竞争离子：I->NO3->(PO4)3->CN-〉HSO3-〉Mg2+〉HCO3-〉HCOO-〉CH3COO-〉OH-〉F- 如果某种离子溶液洗脱效果不好，可用另一种亲和力强的离子代替之，等电点＞7选择阳离子交换树脂，等电点＜7选择阴离子交换树脂。
8. 凝胶过滤层析和离子交换层析分离蛋白质的原理有何不同
所有的层析在原理上都是相通的,区别在于流动相和层析剂之间的作用力的回不同.
离子交换是利用答蛋白质表面的电荷与层析剂上的离子基团的静电作用.
凝胶过滤层析利用了凝胶的多孔性,根据溶剂分子的大小进行分离.
9. 怎样利用离子交换柱层析法分离不同的蛋白质
离子交换柱层析法的核心在于不同的蛋白质的等电点不同
所以说，利用版离子交换柱层析法分离不同的权蛋白质其实就是利用不同蛋白质不同的等电点来分离。比如目的蛋白等电点是5，那么在环境pH为8.0的情况下，目的蛋白可以结合阴离子交换层析，而杂蛋白可能不能结合或者结合能力比目的蛋白弱。通过不同的盐浓度的洗脱让结合能力不同的蛋白在不同的组分被洗脱出来，最终完成对目的蛋白和杂蛋白的分离。
10. 离子交换层析可以用于哪些蛋白质的分离
可以分为阳离子交换层析和阴离子交换层析。
阳离子交换层析，使用含回有酸性基团的阳离子答交换树脂等，可以结合待层析液中的阳离子，因而洗脱顺序是，正电荷越多结合越紧密洗脱越晚。
阴离子交换层析则使用含有碱性基团的交换树脂，结合溶液中的含有阴离子基团的分子，因而负电荷越多结合越紧密，洗脱越晚。