1. 如何从人体基因组中扩增已知蛋白基因的3'UTR
扩增UTR你直接到网上找该基因的mRNA，CDS后面的序列均为UTR，直接设计引物扩增即可。UTR不像编码序列，在基因组里面还有外显子和内含子之分。
2. 如何提取基因组中的3·UTR信息
不同生物（植物、动物、微生物）的基因组DNA的提取方法有所不同; 不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差异。在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法, 以获得可用的DNA大分子。尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用,因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时, 应考虑除去多糖和酚类物质。
本实验以水稻幼苗为材料,学习基因组DNA提取的一般方法。
DNA
一、材料
水稻幼苗
二、设备
移液器，冷冻高速离心机，台式高速离心机，水浴锅，陶瓷研钵，50ml离 心管（有盖）及5ml和1.5ml离心管，弯成钩状的小玻棒。
三、试剂
1、提取缓冲液?：100mmol/L Tris?Cl, pH8.0, 20mmol/L EDTA, 500mmol/L
NaCl, 1.5% SDS。
2、提取缓冲液?：18.6g葡萄糖，6.9g二乙基二硫代碳酸钠，6.0gPVP，240ul巯基乙醇，加水至300ml。
3、80:4:16/氯仿:戊醇:乙醇
4、 RnaseA母液：配方见第一章。
5、其它试剂：液氮、异丙醇、TE缓冲液，无水乙醇、70%乙醇、3mol/L NaAc。
四、操作步骤：
（一）水稻幼苗或其它禾木科植物基因组DNA提取
1. 在50ml离心管中加入20ml提取缓冲液?, 60?水浴预热。
2. 水稻幼苗或叶子5-10g, 剪碎, 在研钵中加液氮磨成粉状后立即倒入预热
的离心管中, 剧烈摇动混匀, 60?水浴保温30-60分钟(时间长,DNA产量高), 不时摇动。
3. 加入20ml氯仿/戊醇/乙醇溶液, 颠倒混匀(需带手套, 防止损伤皮肤)，室温下静置5-10分钟, 使水相和有机相分层(必要时可重新混匀)。
4. 室温下5000rpm离心5分钟。
5. 仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。
6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。
7. 如DNA不形成絮状沉淀,则可用5000rpm离心5分钟, 再将沉淀移入TE管中。这样收集的沉淀,往往难溶解于TE,可在60?水浴放置15分钟以上，以帮助溶解。
8. 将DNA溶液3000rpm离心5分钟, 上清液倒入干净的5ml离心管。
9. 加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37? 10分钟, 除去RNA(RNA对DNA的操作、分析一般无影响，可省略该步骤）。
10. 加入1/10体积的3mol/L NaAc及2×体积的冰乙醇,混匀,-20?放置20分钟左右,DNA形成絮状沉淀。
3. 如何找寻一个已知基因的DNA的UTR5和UTR3
在NCBI上面找在上边查找基因序列方法是： 首先打开NCBI网站首页，然后在search一栏中选择nucleotide，在框中输入要的基因序列名称，点击search就行。然后会出来很多结果，因为很多基因是同名的，或是一个基因在不同种属中不一样，寻找要的基因序列就行了。注意的是，要确定基因名称是否是统一的，找到基因序列，蛋白序列就很容易了，因为结果中会显示该基因的蛋白序列。可以在开始search的时候选protein，找到的就是蛋白序列了。
4. 基因组dna可以扩增3utr吗
3" UTR is a region located in processed 3" end of the mRNA. You need to use full-length cDNA for PCR amplification.
5. 3utr是构建到荧光素酶报告基因的上游还是下游
目的针对促肝细胞再生磷酸酶1(phosphatase of regenerating liver-1,PRL-1)3’端非翻译区(3-untranslatedregion,3’UTR)构建PRL-1荧光素酶报告基因载体及突变体,为研究miR-339-5p在结肠癌中调控其靶基因PRL-1提供有效的工具。方法 PCR扩增包含PRL-1的3’UTR的DNA片段,克隆至荧光素酶载体psiCHECK-2,构建psiCHECK-2/PRL-13’UTR载体;经双酶切及测序鉴定后,对psiCHECK-2/PRL-1 3’UTR重组质粒"种子区"的7个碱基进行定点突变,构建psiCHECK-2/PRL-1 3’UTR突变载体。结果克隆获得的psiCHECK-2/PRL-1 3’UTR载体中DNA片段大小及序列与GenBank报道的一致,且插入方向正确。"种子区"的7个碱基定点突变成功。结论成功构建了含PRL-1基因3’UTR区的荧光素酶报告基因载体及突变体,可用于后续功能研究。
6. 关于基因组的一些疑惑
第一问，第二问，不是，是22条不同的常染色体和XY染色体，共24条。
第3问，不知道是不是每个序列都不同，因为还没测出来，但两条一定是不同的
另外22对是等位基因。“有的是控制阳性，有点是阴性，这应该是由于突变的结果吧。最后是不是每对染色体的基因序列基本上都一样呢？”
不知道你在问什么，但目前知道的是，常染色体不会控制性别或影响性别，当然是正常情况下。那些是性染色体控制的。
7. 为什么大部分单细胞测序测3'utr
细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。
目前，最常见的单细胞测序的应用是在肿瘤研究上。来自美国和英国的研究人员近日利用单细胞基因组扩增、测序和装配，从海洋样本中鉴定出一个单细胞细菌。
8. 全式金反转录试剂盒可以合成3’和5’UTR吗
全式金反转录试剂盒可以合成3’和5’UTR
本质是一样的。有一点细微区别，后者是生物的自然发生的过程，前者是人工进行的过程。
逆转录是RNA类病毒形成自己的DNA并整合到宿主细胞的DNA上，以RNA为模板形成DNA的过程。
反转录是进行基因工程过程中，人为地提取出所需要的目的基因的信使RNA，并以之为模板人工合成DNA的过程。
两者是同一生理过程的不同提法，没有本质的区别，都是遗传信息流动的方向是从RNA到DNA。但在一些考题中，它们又有所区别的。反转录是人工条件下
，借用逆转录酶，根据逆转录原理，实现用细胞生物mRNA为模板，合成目的基因的过程。目的基因的获得方法中有反转录法，而中心法则的补充时则用逆转录法。就像下面的一道考题，答案就是B。
已获得了某种蛋白质的mRNA,通过利用这个mRNA分子获得目的基因,在下列获得目的基因的方法中,哪一种最可取（）
A、超速离心法
B、反转录法
C、逆转录法 D、鸟枪法
cDNA为具有与某RNA链呈互补的碱基序列的单链DNA，即complementary DNA之缩写，或此DNA链与具有与之互补的碱基序列的DNA链所形成的DNA双链。
9. 有没有人做过蛋白与3'utr的相互作用后对内源基因表达的影响
无细胞蛋白表达系统又称为体外翻译系统，是模拟生物细胞的生命现象，重现胞内蛋白转录翻译过程。无细胞蛋白质合成体系以外源目的mRNA或DNA为蛋白质合成模板，通过人工控制补加蛋白质合成所需的底物和转录、翻译相关蛋白因子等物质，能实现目的蛋白质的体外蛋白合成。金开瑞的与传统的蛋白表达系统相比，省略了耗时耗力的质粒转化、细胞培养、收集、破碎和离心等,极大地提高了工作效率；2.反应体系小，能同时平行合成多种不同的蛋白质；3.反应周期短，能满足高通量配体筛选和蛋白质组学的科研要求；4.开放的反应体系，便于改变各项反应条件，有利于调控基因的转录，蛋白质的合成和翻译后修饰，避免包涵体的形成；5.稳定的反应体系，可以偶联其它工艺，形成自动化、程序化、规模化生产，加快重组蛋白的纯化、功能表征和后续的结构解析；6.无细胞结构限制，可用于生产对宿主有毒害作用的外源蛋白，避免蛋白表达对宿主细胞的致死作用；7.添加非天然氨基酸或同位素标记氨基酸，表达特殊蛋白。8.对于多次跨膜或由于疏水性强导致的普通细胞系表达困难的项目有显著改善。
10. 有什么方法把外源DNA插入到细菌的基因组上
方法太多了，光PCR就有好几种方法， 比如
可以设计尾部有相同序列（随机设计）的引物。
2. 头上一种原理，使用oe-PCR, 使用互相拖尾（一段重复序列）的引物（比如目的基因序列中5‘端引物正链的末端与大肠杆菌基因组3’端引物负链互补），具体方法请看网上说明。
3. 可以设计含有已知限制性内切酶的位点的引物，把酶切位点加在基因上，P出产物来之后利用酶切的方法连起来。
4.非PCR方法： gibson assembly.
类似的第5种：golden gate assembly.....
具体的操作啊之类的细节，网上资源多得是，相信你能找到！