一、本质不同
蒸馏水是用蒸馏方式制成的纯水；而去离子水是除去了呈离子形式杂质后的纯水。
二、形成方式不同
去离子水是通过离子交换树脂除去水中的离子态杂质而得到的近乎于纯净的水。蒸馏水是把源水煮沸后另其蒸发冷凝回收，这个过程会耗费大量热能。
三、作用不同
蒸馏水不导电，可以保证机器运行稳定从而延长电器寿命。去离子水多是化学实验室用水，以供一般实验室的常规试验。
四、用途不同
蒸馏水多用于生活、医药行业和实验室;而去离子水多用于实验室、电子工业生产和石油化工行业。去离子水在现代工业中有着非常广泛的用，途由于去离子水中的离子数可以被人为的控制，从而使它的电阻率、溶解度、腐蚀性、病毒细菌等指标得到良好的控制。所以在工业生产和实验室的实验中，使用去离子水回事参数结果更接近理想数据，产品质量也更容易控制。