超濾凈水器採用超濾膜技術，可以過濾大體積細菌、固體懸浮物、大分子有機物等，但對於礦物質、溶解性氣味、色素、有機物、無機物等的過濾效果較差。超濾凈水器通常只有一級過濾，主要依賴超濾膜和活性炭，適用於日常飲用水的初級凈化。
反滲透凈水器則使用反滲透膜，孔徑僅為0.0001微米，幾乎能過濾掉所有雜質，包括重金屬、有機物、細菌、病毒等，產出的水質量極高，可以直接飲用。反滲透凈水器的過濾精度遠高於超濾凈水器，但其成本也相對較高。
超濾凈水器和反滲透凈水器各有優勢。超濾凈水器操作簡便，安裝成本較低，且能有效去除水中的懸浮物、膠體、微生物等有害物質。反滲透凈水器則能有效去除水中的重金屬、有機物、細菌、病毒等有害物質，出水更純凈，但價格較高，且廢水率較高。
選擇凈水器需考慮家庭實際情況。對於水質較差的家庭，反滲透凈水器是更好的選擇。而對於水質較好的地區，超濾凈水器就足夠了。適合的才是最好的，消費者應根據實際需求來選擇適合自己的凈水器。