1. 如何從人體基因組中擴增已知蛋白基因的3'UTR
擴增UTR你直接到網上找該基因的mRNA，CDS後面的序列均為UTR，直接設計引物擴增即可。UTR不像編碼序列，在基因組裡面還有外顯子和內含子之分。
2. 如何提取基因組中的3·UTR信息
不同生物（植物、動物、微生物）的基因組DNA的提取方法有所不同; 不同種類或同一種類的不同組織因其細胞結構及所含的成分不同，分離方法也有差異。在提取某種特殊組織的DNA時必須參照文獻和經驗建立相應的提取方法, 以獲得可用的DNA大分子。尤其是組織中的多糖和酶類物質對隨後的酶切、PCR反應等有較強的抑製作用,因此用富含這類物質的材料提取基因組DNA時, 應考慮除去多糖和酚類物質。
本實驗以水稻幼苗為材料,學習基因組DNA提取的一般方法。
DNA
一、材料
水稻幼苗
二、設備
移液器，冷凍高速離心機，台式高速離心機，水浴鍋，陶瓷研缽，50ml離 心管（有蓋）及5ml和1.5ml離心管，彎成鉤狀的小玻棒。
三、試劑
1、提取緩沖液?：100mmol/L Tris?Cl, pH8.0, 20mmol/L EDTA, 500mmol/L
NaCl, 1.5% SDS。
2、提取緩沖液?：18.6g葡萄糖，6.9g二乙基二硫代碳酸鈉，6.0gPVP，240ul巰基乙醇，加水至300ml。
3、80:4:16/氯仿:戊醇:乙醇
4、 RnaseA母液：配方見第一章。
5、其它試劑：液氮、異丙醇、TE緩沖液，無水乙醇、70%乙醇、3mol/L NaAc。
四、操作步驟：
（一）水稻幼苗或其它禾木科植物基因組DNA提取
1. 在50ml離心管中加入20ml提取緩沖液?, 60?水浴預熱。
2. 水稻幼苗或葉子5-10g, 剪碎, 在研缽中加液氮磨成粉狀後立即倒入預熱
的離心管中, 劇烈搖動混勻, 60?水浴保溫30-60分鍾(時間長,DNA產量高), 不時搖動。
3. 加入20ml氯仿/戊醇/乙醇溶液, 顛倒混勻(需帶手套, 防止損傷皮膚)，室溫下靜置5-10分鍾, 使水相和有機相分層(必要時可重新混勻)。
4. 室溫下5000rpm離心5分鍾。
5. 仔細移取上清液至另一50ml離心管,加入1倍體積異丙醇,混勻,室溫下放置片刻即出現絮狀DNA沉澱。
6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用鉤狀玻璃棒撈出DNA絮團,在干凈吸水紙上吸干,轉入含TE的離心管中,DNA很快溶解於TE。
7. 如DNA不形成絮狀沉澱,則可用5000rpm離心5分鍾, 再將沉澱移入TE管中。這樣收集的沉澱,往往難溶解於TE,可在60?水浴放置15分鍾以上，以幫助溶解。
8. 將DNA溶液3000rpm離心5分鍾, 上清液倒入干凈的5ml離心管。
9. 加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37? 10分鍾, 除去RNA(RNA對DNA的操作、分析一般無影響，可省略該步驟）。
10. 加入1/10體積的3mol/L NaAc及2×體積的冰乙醇,混勻,-20?放置20分鍾左右,DNA形成絮狀沉澱。
3. 如何找尋一個已知基因的DNA的UTR5和UTR3
在NCBI上面找在上邊查找基因序列方法是： 首先打開NCBI網站首頁，然後在search一欄中選擇nucleotide，在框中輸入要的基因序列名稱，點擊search就行。然後會出來很多結果，因為很多基因是同名的，或是一個基因在不同種屬中不一樣，尋找要的基因序列就行了。注意的是，要確定基因名稱是否是統一的，找到基因序列，蛋白序列就很容易了，因為結果中會顯示該基因的蛋白序列。可以在開始search的時候選protein，找到的就是蛋白序列了。
4. 基因組dna可以擴增3utr嗎
3" UTR is a region located in processed 3" end of the mRNA. You need to use full-length cDNA for PCR amplification.
5. 3utr是構建到熒光素酶報告基因的上游還是下游
目的針對促肝細胞再生磷酸酶1(phosphatase of regenerating liver-1,PRL-1)3』端非翻譯區(3-untranslatedregion,3』UTR)構建PRL-1熒光素酶報告基因載體及突變體,為研究miR-339-5p在結腸癌中調控其靶基因PRL-1提供有效的工具。方法 PCR擴增包含PRL-1的3』UTR的DNA片段,克隆至熒光素酶載體psiCHECK-2,構建psiCHECK-2/PRL-13』UTR載體;經雙酶切及測序鑒定後,對psiCHECK-2/PRL-1 3』UTR重組質粒"種子區"的7個鹼基進行定點突變,構建psiCHECK-2/PRL-1 3』UTR突變載體。結果克隆獲得的psiCHECK-2/PRL-1 3』UTR載體中DNA片段大小及序列與GenBank報道的一致,且插入方向正確。"種子區"的7個鹼基定點突變成功。結論成功構建了含PRL-1基因3』UTR區的熒光素酶報告基因載體及突變體,可用於後續功能研究。
6. 關於基因組的一些疑惑
第一問，第二問，不是，是22條不同的常染色體和XY染色體，共24條。
第3問，不知道是不是每個序列都不同，因為還沒測出來，但兩條一定是不同的
另外22對是等位基因。「有的是控制陽性，有點是陰性，這應該是由於突變的結果吧。最後是不是每對染色體的基因序列基本上都一樣呢？」
不知道你在問什麼，但目前知道的是，常染色體不會控制性別或影響性別，當然是正常情況下。那些是性染色體控制的。
7. 為什麼大部分單細胞測序測3'utr
細胞是生物學的基本單位，研究人員正更加努力地嘗試將它們進行單個分離、研究和比較。單細胞測序是指DNA研究中涉及測序單細胞微生物相對簡單的基因組，更大更復雜的人類細胞基因組。隨著測序成本的大幅度下降，破譯來自單細胞的30億鹼基的基因組並逐個細胞比較序列正在變為現實。
目前，最常見的單細胞測序的應用是在腫瘤研究上。來自美國和英國的研究人員近日利用單細胞基因組擴增、測序和裝配，從海洋樣本中鑒定出一個單細胞細菌。
8. 全式金反轉錄試劑盒可以合成3』和5』UTR嗎
全式金反轉錄試劑盒可以合成3』和5』UTR
本質是一樣的。有一點細微區別，後者是生物的自然發生的過程，前者是人工進行的過程。
逆轉錄是RNA類病毒形成自己的DNA並整合到宿主細胞的DNA上，以RNA為模板形成DNA的過程。
反轉錄是進行基因工程過程中，人為地提取出所需要的目的基因的信使RNA，並以之為模板人工合成DNA的過程。
兩者是同一生理過程的不同提法，沒有本質的區別，都是遺傳信息流動的方向是從RNA到DNA。但在一些考題中，它們又有所區別的。反轉錄是人工條件下
，借用逆轉錄酶，根據逆轉錄原理，實現用細胞生物mRNA為模板，合成目的基因的過程。目的基因的獲得方法中有反轉錄法，而中心法則的補充時則用逆轉錄法。就像下面的一道考題，答案就是B。
已獲得了某種蛋白質的mRNA,通過利用這個mRNA分子獲得目的基因,在下列獲得目的基因的方法中,哪一種最可取（）
A、超速離心法
B、反轉錄法
C、逆轉錄法 D、鳥槍法
cDNA為具有與某RNA鏈呈互補的鹼基序列的單鏈DNA，即complementary DNA之縮寫，或此DNA鏈與具有與之互補的鹼基序列的DNA鏈所形成的DNA雙鏈。
9. 有沒有人做過蛋白與3'utr的相互作用後對內源基因表達的影響
無細胞蛋白表達系統又稱為體外翻譯系統，是模擬生物細胞的生命現象，重現胞內蛋白轉錄翻譯過程。無細胞蛋白質合成體系以外源目的mRNA或DNA為蛋白質合成模板，通過人工控制補加蛋白質合成所需的底物和轉錄、翻譯相關蛋白因子等物質，能實現目的蛋白質的體外蛋白合成。金開瑞的與傳統的蛋白表達系統相比，省略了耗時耗力的質粒轉化、細胞培養、收集、破碎和離心等,極大地提高了工作效率；2.反應體系小，能同時平行合成多種不同的蛋白質；3.反應周期短，能滿足高通量配體篩選和蛋白質組學的科研要求；4.開放的反應體系，便於改變各項反應條件，有利於調控基因的轉錄，蛋白質的合成和翻譯後修飾，避免包涵體的形成；5.穩定的反應體系，可以偶聯其它工藝，形成自動化、程序化、規模化生產，加快重組蛋白的純化、功能表徵和後續的結構解析；6.無細胞結構限制，可用於生產對宿主有毒害作用的外源蛋白，避免蛋白表達對宿主細胞的致死作用；7.添加非天然氨基酸或同位素標記氨基酸，表達特殊蛋白。8.對於多次跨膜或由於疏水性強導致的普通細胞系表達困難的項目有顯著改善。
10. 有什麼方法把外源DNA插入到細菌的基因組上
方法太多了，光PCR就有好幾種方法， 比如
可以設計尾部有相同序列（隨機設計）的引物。
2. 頭上一種原理，使用oe-PCR, 使用互相拖尾（一段重復序列）的引物（比如目的基因序列中5『端引物正鏈的末端與大腸桿菌基因組3』端引物負鏈互補），具體方法請看網上說明。
3. 可以設計含有已知限制性內切酶的位點的引物，把酶切位點加在基因上，P出產物來之後利用酶切的方法連起來。
4.非PCR方法： gibson assembly.
類似的第5種：golden gate assembly.....
具體的操作啊之類的細節，網上資源多得是，相信你能找到！